현재 농협, 수협, 임협 모두 면세유를 취급하고 있다. 그러나 농협만이 유일하게 공급 가격의 2%를 면세유 취급 수수료를 부과해 징수하고 있다.
수협과 임협은 따로 취급 수수료를 부과하지 않고 있어 형평성 문제가 지적된다.

전체 2011개 단위 농협 중 154개소만 취급 수수료를 징수하고 있어 실효성도 떨어져 면세유 취급 수수료 폐지의 필요성이 나오는 대목이다. 
농민 부담 완화라는 면세유 정책 취지에 맞춰 취급 수수료를 폐지해야 한다는 주장도 제기되고 있다.
실제로 부과와 징수가 공급 가격의 2%로 지정돼 있어, 석유류 가격이 상승하면 농민의 부담도 늘어날 수밖에 없다는 점이 그렇다.
지난 20대 국회에서 면세유 취급 수수료 폐지를 위해 ‘조세특례제한법 일부개정법률안’을 제출된 바 있다. 
또한, 국민권익위원회에서도 2021년 5월 ‘농·임·어업용 면세유 공급·관리의 사각지대 해소’라는 관련 자료를 통해 ‘형평성 미흡’ 근거를 들어 ‘차별적 징수’라며 농협의 면세유 취급 수수료 폐지 목소리에 힘을 싣기도 했다.
조세특례제한법에 따른 농림어업인 면세유 혜택이 농어민 경제적 부담 완화와 정상화에 기여하지만, 농협의 면세유 취급 수수료는 형평성에도 어긋나고 실효성도 부족해 폐기를 검토해야 할 때이다.