우리나라 지방재정은 자체수입(지방세+세외수입) 구조가 취약해 지자체의 의존재원(지방교부세+국고보조금)에 대한 의존도가 높고, 지방세 세목이 주로 취득세나 재산세 위주로 이루어져 있다.
이는 국세에 비해 신장성 및 안정성이 낮으며, 지자체 간 재정자립도 격차가 크다는 문제가 있다는 것이다.

지방재정의 재정자율성이 낮아지는 가장 중요한 이유는 국세와 지방세의 세원배분이 국세에 편중되어 있다는 점이다.
중앙정부에 집중된 세수를 용도가 제한된 국고보조금을 통해 지방으로 이전함으로써 지방재정의 자율성이 저해되고 동시에 세출의 효율성이 떨어지는 원인으로 작용하고 있다.
실제로 지방재정의 자체재원이 취약하다보니 지자체의 재정자율성이 취약할 수밖에 없다.
전체 243개 지자체 중에서 재정자립도가 30% 미만인 지자체가 총 182개, 10% 미만인 지자체가 59개로 전반적으로 재정자립도가 낮을 뿐 아니라, 지자체 간 재정자립도 격차도 크게 나나타났다.
정부는 중장기적인 관점에서 중앙정부와 지방정부의 세입 및 세출 양 측면 모두에서 재원배분을 합리화하는 방안을 마련해야 한다.
지자체 간 불균형을 심화시키지 않으면서 안정성 및 신장성을 갖춘 지방세 세원을 발굴 이양해 지방재정의 자율성과 자주성을 제고해야 한다.