법원이 자율고지정·고시취소처분 및 자율고 2011학년도 신입생 입학전형 모집요강 승인 취소처분에 대한 효력정지 가처분 신청을 인용한 것은, 이 사건 판결의 선고 시까지 위 취소처분들의 효력을 일시적으로 정지시킨다는 의미를 갖는다. 이는 자율고지정·고시취소처분과 자율고 2011학년도 신입생 입학전형 모집요강 승인 취소처분이 무효라는 것을 의미하는 것은 아니다. 따라서 도교육청은 본안소송의 승소를 이끌어내는 데 노력을 집중하겠다.
이 사건 재판부가 “남성학원이 남성여자고등학교, 남성중학교, 남성여자중학교의 법정부담금을 전액 부담할 수 없다는 사정은 남성고등학교에 대한 자율형 사립고등학교 지정처분을 취소할 수 있는 사유에 해당한다고 보기 어렵다”라고 밝힌 부분에 대한 정당성을 받아들이기 어렵다
우리나라 사학의 현실상 하나의 사학법인의 산하에 있는 학교들은 재정상 상호 독립성을 갖는 것이 아니라 의존성을 갖고 있다. 이는 동일한 사학법인의 산하에 있는 하나의 학교의 재정부실은 곧바로 같은 재단의 다른 학교의 재정부실로 연결된다는 것을 뜻한다. 더구나 남성학원의 경우 2004년 이후 현재까지 전라북도교육청으로부터 재정결함보조금 827억여 원, 시설사업비 103억여 원, 합계 ９30억여 원의 재정보조를 받았으면서도, 재단이 남성고등학교에 전입한 금액은 연 수백만 원에 불과했다.
이러한 사학재단이 자율고를 설립 ․ 운영할 경우 법정부담금을 납부하는 데 문제가 없을 것으로 판단한 것은, 객관적 설득력이 매우 약하다는 것을 지적하지 않을 수 없다. 더구나 이 사건 재판부가 일반계 사립학교의 학교법인이 법정부담금 전액을 실제로 부담하는 것은 현실적으로 곤란한 것으로 보인다고 말한 것은, 법정부담금을 성실하게 전입하고 있는 수많은 사학들이 사학운영을 위하여 기울이는 진지성과 성실성을 폄하하는 것이다.
남성고와 군산중앙고는 가처분 신청의 인용결정을 받아냈다고 해서 향후자율고가 순탄하게 진행될 것이라고 오판하지 말기를 바란다. 교육감을 자신이 가지고 있는 모든 합법적인 수단을 동원하여 두 학교가 결코 특별한 계층의 아이들만을 위한 귀족학교로 설 수 없도록 할 것이다.
이와는 별개로 교과부를 상대로 교과부가 교육감에게 내린 시정명령에 대해 대법원 또는 헌법재판소에 제소하는 방안을 적극 검토하여 가능한 한 빠른 시일 내에 절차를 밟을 것임을 밝혀 둔다. 이는 교과부와 교육청의 관계에서 교과부가 위법하게 지방교육자치의 영역을 침범하지 못하도록 하는 데 의미를 두고 있다.
