국회의 세율인상 세법개정 없이도 국세청장의 명령을 통해 세금 인상이 가능하도록 한 현행 주세법의 규정이 조세법률주의에 어긋나는 조치라는 지적이 제기되고 있다. 
한국납세자연맹은 “헌법상 조세법률주의에 따라 세금을 인상하기 위해서는 국민의 대표 기관인 국회가 제정한 법률에 의거해 세율인상을 통해야 함에도 불구하고 현행 주세법은 종가세 체계를 통해 국세청장이 주류 출고 가격 명령을 통해 실질적으로 세금을 인상할 수 있도록 규정하고 있어 위헌 소지가 있다”고 밝혔다. 

주세법 제 40조(주세 보전명령)와 주세법 시행령 제 50조(주류 가격에 관한 명령)에 따르면 국세청장에게 주세 보전을 위한 일련의 조치로 주류 제조자에게 가격인상이나 인하를 명령을 할 수 있는 권한을 부여 했다. 여기서 ‘명령’이란 국세청장이 주류회사에 공법상 의무를 부과해 사실상 가격을 조절할 수 있는 처분을 말하며, 문서로 통지해야 한다.
국세청은 2007년 소주 시장에서 시장 점유율이 50%를 상회하는 진로로 하여금 소주 출고가격 인상률 등을 사전에 국세청과 협의하도록 해 가격 인상 여부, 인상률 및 인상 시기를 승인받도록 했다.
특히 지역별 과점이 이루어지고 있는 소주 시장에서 전국적인 시장 점유율을 가진 진로에 대해서만 국세청이 가격 규제조치를 실시하는 일련의 조치로 인해, 기타 소주 업체들도 이를 국세청의 가이드라인으로 파악해 유사한 인상률과 인상 시기를 결정하게 된다.  
이 같은 소주 회사들의 소주값 담합 혐의에 대해 2010년 공정위회가 부과한 과징금 소송에서 대법원은 소주 업체에 시정명령과 과징금 납부 명령을 내렸으나, 2014년 대법원 파기환송판결에서는 소주 업체 관계자들의 담합 증거들을 대부분 인정했던 1~2심 판결을 뒤집으며 국세청의 실질적인 소주 출고가격 통제.관리 의혹을 인정한 바 있다.
최근 소주값 인상과 관련해서도 연맹은 “‘1999년 이후에는 소주값 인상 후 신고할 뿐 사전 협의나 규제권한이 없다’고 한 정부의 해명은 사실이 아니며, 주세법에 의한 명령권을 통해 서면통지로 가격인상을 할 경우 비난여론을 의식, 2007년과 같이 은밀한 방법을 통해 정부가 주류회사의 소주값 인상에 개입한 것으로 보인다“고 주장했다.