남원시 보건소가 의료 취약지역 주민에게 효율적인 보건의료서비스를 제공, 시민 모두가 고르게 의료혜택을 받을 수 있도록  관내에 24개소의 보건진료소를 운영하고 있다.
보건진료소는 농어촌 등 보건의료를 위한 특별조치법에 의거 의료 취약지역 주민들을 위한 1차 진료, 보건사업 등을 추진, 지역주민의 건강을 가장 가까이 돌보고 있다.

남원시는 보건진료소의 활성화를 위해 1차 진료는 물론 지역주민을 위한 자체 보건의료서비스 사업을 적극 추진하고 있다.
특히 보건진료 전담공무원이 지역주민 주치의 담당제도사업을 펼쳐 보건소에서 운영하고 있는 고혈압, 당뇨, 비만, 중풍예방교실 사업, 개인별 맞춤형 건강생활실천사업(금연, 운동, 영양, 절주), 심뇌혈관질환예방관리사업 등으로 등록.관리자에게 진료 및 약 복용 등 사전 알림서비스 제공과 암 관리를 위해 건강검진결과에 따른 사후관리 및 의료비 지원까지 원스톱서비스, 재가 암환자의 정서 및 건강관리를 위한 프로그램을 운영하고 있다.
또 타 지역보다 높은 고령화로 노인건강위험요인을 사전에 예방하기 위해 12월~다음해 2월까지 경로당을 방문해 혈당 및 혈압측정, 콜레스테롤 측정, 치매 선별검사 등 기초검사(검진)와 노인우울, 스트레스, 영양관리, 금연, 절주, 비만, 운동 등 각종 건강상담, 만성질환 예방 및 치매예방 등 보건교육 갖는 등 다양한 서비스를 제공하고 농한기에는 체조교실, 기공체조교실, 민요교실 등 건강관리프로그램을 운영하고 있다.